玄奘三蔵院は薬師寺の復興伽藍ではなく、新規に作られた伽藍です。1984年（昭和59年）に起工式を執り行い、1991年（平成3年）に落慶しました。中央の玄奘塔には御頂骨と大川呈一仏師による玄奘三蔵の木像が、祭られています。また、一番奥の絵殿には平山郁夫画伯がライフワークとして取り組んだ大唐西域大壁画が奉納される事となっており現在制作中ですが、2001年（平成13年）1月1日に完成し、絵身舎利として大切にお祀りされています。

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　玄奘三蔵院の絵殿。ここに平山画伯の大唐西域大壁画が奉納されています。

 　玄奘三蔵院の正面の礼門。ここから内部を礼拝する事が出来るようになっています。

　玄奘三蔵院の中央に位置する玄奘塔です。ここには玄奘三蔵様の木像や御頂骨が祀られているほか、入り口には高田好胤前住職の揮毫による「不東（ひがしせず）」と言う文字が見えます。